İlk olarak 2004 yılında Tarsus Belediyesi, Sağlık ve Eğitim Vakfı ve Tarsus Amerikan Koleji tarafından organize edilmiştir. 12. Uluslararası Tarsus Maratonu 25 Mart 2018 tarihinde Mersin Büyükşehir Belediyesi’nin destekleriyle yapılmıştır. 3 yıl ara verilen maratona 28 Kasım 2021 yılında 13. ve 14. Uluslararası Tarsus Yarı Maratonu sadece Mersin Büyükşehir Belediyesi tarafından gerçekleştirilmiştir. 2025 yılında 17’nci kez düzenlenecektir.